1、將噴灌施肥器聯接在噴灌水泵進水口與吸水管之間。若不噴施肥時，關閉進水閥、出水閥。正常噴灌施肥過程是：
2、打開填料閥，把一次要噴灑的控制作物面積所需要肥料，加入噴灌施肥器混合室內，然后注入清水，排凈混合室空氣并關閉填料閥，打開進水閥、出水閥，噴灌施肥器開始為噴灌系統供肥。
3、調整出水閥或進水閥開啟角度，即可控制噴灌施肥器的供肥量或供肥時間。當結束噴肥工作時，關閉進水閥，慢開填料閥，當混合室內清水剩余1/3時關閉出水閥。此時可增加肥料，啟動下一個噴灌管路施肥作業程序。如需噴施肥量較大，亦可采用分批施肥法進行二次投料，掌握如噴肥時間及噴水量，效果相同。
4、噴灌系統正常運行。
5、把肥料、藥劑等注入噴灌系統內，噴肥時間通常應不小于30min。主要是消除噴頭轉速慢、噴灑不均的問題，同時肥料可得到充分稀釋，使作物葉面能比較好地吸收養分。
6、肥液噴灑結束后，要有30-90min時間讓噴灑系統繼續運行，用清水沖洗噴灌系統，并把肥料從植物葉面上淋澆下來進入作物根區，避免肥液傷到葉面。